Vegetasi Pantai :
Vegetasi pantai dapat dijumpai di sekitar Teluk Sukamade dan Teluk Meru. Vegetasi ini terdiri dari formasi Prescaprae dan formasi Baringtonia. Formasi Prescaprae terdiri dari tumbuhan rendah yang didominasi oleh jenis herba, sebagian tumbuhan menjalar dan jenis yang paling banyak adalah ubi pantai (Ipomoea prescaprae) dan rumput lari (Spinifex squarosus). Formasi Baringtonia terdiri dari keben (Baringtonia asiatica), nyamplung (Calophyllum inophyllum), waru (Hibiscus tiliaceus), ketapang (Terminalia catappa), pandan (Pandanus tectorius) dan lain-lain. Jenis-jenis tumbuhan yang dominan adalah Ipomea pescaprea, Svinivax litoralis, Terminalia cattapa, Pandanus sp, Casuarina equisetifolia . Formasi pantai antara lain formasi Barringtonia yang ditandai oleh keben (Barringtonia asiatica), ketapang (Terminalia catappa), nyamplung (Calophyllum inophyllum), dll. Formasi vegetasi hutan pantai terdiri dari 2 tipe utama yaitu formasi ubi pantai (Ipomea pescaprae), dan formasi Barringtonia (25 - 50 m) pada daerah pantai yang landai dan akan berkurang luasnya jika pantainya terjal dan berbatu.
Gambar vegetasi pantai
Jenis yang paling banyak adalah ubi pantai (Ipomoea pescaprae) dan rumput lari (Spinifex squarosus). Formasi Baringtonia terdiri dari keben (Baringtonia asiatica), nyamplung (Calophyllum inophyllum), waru (Hibiscus tiliaceus), ketapang (Terminalia catappa), pandan (Pandanus tectorius) dan lain-lain.
Vegetasi Payau :
Vegetasi ini dapat dijumpai di bagian timur Teluk Rajegwesi yang merupakan muara Sungai Lembu dan Karang tambak, Teluk Meru dan Pantai Sukamade merupakan vegetasi hutan yang tumbuh di garis pasang surut. Jenis-jenis yang mendominasi adalah bakau (Rhizophora sp.), api-api (Avicenia sp.) dan tancang (Bruguera sp.). Semua jenis pohon yang terdapat dalam formasi vegetasi ini mempunyai bentuk akar yang spesifik. Di muara sungai Sukamade terdapat formasi nipah (Nypa fruticans) yang baik formasinya.
Vegetasi Rawa :
Vegetasi ini dapat dijumpai di belakang hutan payau Sukamade. Jenis-jenis yang banyak dijumpai diantaranya sawo kecik (Manilkara kauki), rengas (Gluta renghas), pulai (Alstonia scholaris), dan kepuh (Sterculia foetida). Flora terdiri dari tanaman mengapung seperti: Pistia, Nymphoides, sebagian lagi tanaman yang dalam air seperti Ottelia dan Hydrilla.
gambar vegetasi rawa
Sebagian lagi tanaman yang berakar didalam lumpur dan bagian tanaman lainnya terdapat diatas air. Termasuk yang terakhir adalah kebanyakan Cyperaceae seperti Elocharis. Beberapa tanaman mengakhiri umurnya dengan mengapung seperti Nymphaea: juga Nelumbium tetapi tanaman ini mempunyai akar rimpang yang dalam lumpur. Nelumbium tidak berasal dari Indonesia, asalnya adalah Asia. Tumbuhan-tumbuhan laian yang menarik yaitu Eichhornia, tanaman yang mengapung berasal dari Amerika. Meskipun tanaman ini di Indonesia tidak membentuk buah, mereka toh berkembang secara vegetatif denga sangat cepat.
Vegetasi Gambut
Lahan gambut merupakan suatu ekosistem lahan basah yang dibentuk oleh adanya penimbunan/akumulasi bahan organik di lantai hutan yang berasal dari reruntuhan vegetasi di atasnya dalam kurun waktu lama. Akumulasi ini terjadi karena lambatnya laju dekomposisi dibandingkan dengan laju penimbunan bahan organic di lantai hutan yang basah/tergenang tersebut. Seperti gambut tropis lainnya, gambut di Indonesia dibentuk oleh akumulasi residu vegetasi tropis yang kaya akan kandungan lignin dan nitrogen. Karena lambatnya proses dekomposisi, di ekosistem rawa gambut masih dapat dijumpai batang, cabang dan akar besar (Murdiyarso et al, 2004). Secara ekologis, hutan rawa gambut merupakan habitat bagi spesies langka orangutan (Pongo pygmaeus) baik di Sumatera maupun Kalimantan, pemijahan ikan, reservoir air, yang ditumbuhi oleh vegetasi hutan hujan selalu hijau (evergreen), serta sumber pencaharian penduduk sekitar.
Gambar vegetasi gambut
Pembentukan gambut di beberapa daerah pantai Indonesia diperkirakan dimulai sejak zaman glasial akhir, sekitar 3.000 - 5.000 tahun yang lalu. Untuk gambut pedalaman bahkan lebih lama lagi, yaitu sekitar 10.000 tahun yang lalu (Brady, 1997). Jika dilakukan drainase atau reklamasi, gambut berangsur-angsur akan kempes dan mengalami subsidence/ambelas yaitu penurunan permukaan tanah. Kondisi ini disebabkan oleh proses pematangan gambut dan berkurangnya kandungan air. Lama dan kecepatan penurunan tersebut tergantung pada kedalaman gambut. Semakin tebal gambut, penurunan tersebut semakin cepat dan berlangsungnya semakin lama. Rata-rata kecepatan penurunan adalah 0,3-0,8 cm/bulan, dan terjadi setelah 3-7 tahun setelah drainase atau pengolahan tanah (Najiyati et al, 2005).
Vegetasi Hutan hujan dataran rendah (lowland rain forest)
Komposisi flora hutan hujan dataran rendah agak bervariasi ditandai jenis yang dikenal dengan mussaendopsis beccariana, ficus sp, myristica sp, pterospermum, canangium odoratum, arenga pinatta, arenga sp, dan lain-lain. Vegetasi pada hutan hujan dataran rendah ini meliputi kurang dari 10 % dari luas TNLL dan terutama dapat dijumpai pada jalur sempit yang terbentang sepanjang batas utara dan barat pada ketinggian antara 200 sampai 1.000 m komposisi tumbuhan dari zona ini agak beraneka ragam, tidak dijumpai jenis tertentu yang dominan. Ciri vegetasi ini ditandai oleh adanya pohon yang dikenal sebagai Pawa (Rubiaceace), Ntrode (Pterospermun celebicum), Ndolia (Cananga odorata), Ngkera (Horsfieldia sp), Lawedaru (Knema atau Myristica) dan juga Palma saguer (Arenga pinata) dan take (Arenga undulatifolia), Mpire (Caryota sp). Pada umumnya jenis tumbuhan tersebut tidak terdapat pada ketinggian lebih dari 1.000 m .
Jenis tumbuhan lain yang diketemukan dalam zona vegetasi ini adalah Tahiti (Disoxyllum sp), Uru (Elmerillia atau Manglietia), Luluna (Celtis sp), Maro (Garcinia sp), Kaupahi, Dango (Carralia brachiata), Palili (Lithocarpus sp), Nuncu (Ficus sp), Tingaloko (Leea sp), Tea Uru (Artocarpus sp), Huka (Gnetum gnemon), Pangi (Pangium edule), Kau mpangana (Ardisia). Di beberapa tempat juga terdapat Vatica sp (Dipterocarpaceae) Durio zibethinus (durian), Duabanga moluccana (Lekotu) dan Octomeles sumatrana (benoang). Vegetasi ini bergabung dengan vegetasi sekunder yang tumbuh setelah hutan asli dibuka untuk perladangan dan kemudian ditinggalkan. Komposisi tumbuhan dari vegetasi sekunder ini bervariasi menurut umur serta lokasi tegakan. Secara umum dalam tahun pertama setelah ladang ditinggalkan muncul kemudian rumput-rumput dan jenis tumbuhan yang tak berkayu. Pada tahun kedua atau ketiga, herba penutup ini akan diganti oleh semak belukar yang lebat, yang didominasi oleh walobira (Melastoma malabathricum) dan atau hinduru (Villebrunnea sp). Jenis pohon yang kelak menggantikan semak belukar ini diantaranya wulaya (Trema orientalis), hinanu (Callicapra), kuo (Alphitonia zizyphoides), paili (Lithocarpus). Jenis-jenis ini dapat membentuk suatu tegakan campuran, atau tegakan yang didominasi oleh beberapa jenis saja, tetapi bisa juga masing-masing menguasai areal tertentu untuk membentuk suatu tegakan murni. Sebagai tambahan bahwa tanah terbuka yang dibiarkan sesudah longsor terjadi, mungkin langsung seluruhnya diambil alih oleh (Casuarina sumatrana atau Pigaffeta elata)
Vegetasi Hutan hujan pegunungan (mountain rain forest)
Hutan hujan pegunungan yang merupakan 90 % dari luas seluruh areal TNLL didominasi jenis vegetasi seperti misalnya castanopsis asgentea, lithocarpus sp. Juga terdapat beberapa jenis yang agak terbatas jumlahnya seperti misalnya podocorpus, elacorpus, adinandra, listea, callohyllun, eucaliptus deglupta dan lain-lain.
Pada vegetasi hutan hujan pegunungan, karena lebih dari 90 % dari TNLL ini berada pada ketinggian di atas 1.000 m (antara 1.000 - 2.600 m), maka bagian terbesar vegetasi yang menutupi Taman Nasional ini adalah hutan hujan pegunungan. Vegetasi di zona ini ditandai oleh adanya dominasi dari jenis pohon tertentu seperti kaha (Castanopsis argentea), palili bohe, palili nete, palili pence (Lithocarpus sp) dan berbagai jenis Syzigium. Jenis lain yang juga terbesar tetapi kurang begitu umum ditemukan adalah jenis-jenis dari Podocarpus, Elaeocarpus, Adinandra, Lasianthus, Cinnamomum, Letsea, Callophylium. Salah satu pohon yang tajuknya terbesar yaitu Aghatis celebica dan Agathis philippinensis biasanya terdapat dalam suatu tegakan atau sebagai individu-individu yang tersebar pada punggung bukit di atas ketinggian 1.500 m, bersama-sama dengan Phyllocladus hypophyllus dan Pandanus sp, Litsea sp. Vegetasi jenis lain yang mendominasi kawasan ini adalah Rhododendron sp (R. malayanum, R.celebicum dan R. Zollingerii), dan Vaccinium sp.
Vegetasi Dataran Tinggi
Jenis vegetasi yang dapat ditemukan di daerah dataran tinggi misalnya:
h
utan cemara
Gambar hutan cemara
Bercabang lurus, berdaun jarum, bercabang pendek. Pohon berjenis sedikit ini berdiri tegak. Bentuk kerucutnya beradaptasi dengan angin besar dan badai salju. Tumbuhan ini tumbuh secara tersebar. Hutan ini juga dapat menghasilkan buah berbentuk kerucut. Spesies utamanya ; Firpine, Spruce, Cedar dan Cypress.
Savana
Gambar hutan savana
Pohon tumbuh dengan jarak yang jauh antara satu dengan lainnya, juga ditumbuhi dengan semak dan rumput yang tingi. Pohon yang tinggi, yang sedang berbentuk paying, berdaun kecil dan berduri. Beradaptasi d engan kondisi yang kering. Rumput mati dimusim kemarau dan tumbuh kembali dimusim hujan. Pohon baobab dan akasia dapat terus tumbuh walaupun dalam kondisi kekeringan . habitat pohon dan rumput sangat disukai oleh hewan liar.